Monitorimi i të drejtave të njeriut përfshin hetimin dhe dokumentimin e shkeljeve të të drejtave të njeriut dhe ndjekjen e tyre para gjykatave kompetente. Të gjitha aktivitetet e ndërmarra në këtë program kanë për qëllim mbrojtjen e viktimave të shkeljeve të të drejtave të njeriut dhe vendosjen e sundimit të ligjit. Në fokus të hulumtimit janë rastet e torturave të policisë, dhunës së motivuar politike, diskriminimit dhe të drejtat e minoriteteve. Kur bëhet fjalë për torturat e policisë dhe dhunën e motivuar politike, përveç hetimit dhe dokumentimit të rasteve të torturave, Nisma siguron mbrojtje ligjore për viktimat. Nisma informon publikun për shtrirjen e shkeljeve të të drejtave të njeriut në fushën e torturave me raporte periodike dhe kur është e përshtatshme, njoftime publike, duke mbrojtur vetë viktimat e torturave. Disa nga ligjet kalimtare që janë miratuar në rajon vitet e fundit përmbajnë mekanizma që shërbejnë për realizimin dhe mbrojtjen e të drejtave të njeriut. Duke monitoruar shkallën në të cilën këto mekanizma janë zbatuar, Nisma kërkon të përcaktojë se cili nga këta mekanizma janë duke punuar dhe zbatimi i të cilëve nuk është realizuar. Në këtë mënyrë, mund të nxirren përfundime të qarta për dënimin dhe pandëshkueshmërinë për shkeljet e të drejtave të njeriut. Në autoritetet shtetërore po bëhet presion në këtë drejtim për të ndryshuar disa ligje me zgjidhje më adekuate.
Nisma deri më tani ka publikuar dhjetëra raporte për të drejtat e njeriut, me referencë të veçantë për të drejtat e popujve pakicë në Mal të Zi, diskriminimin ndaj tyre, viktimat e torturave dhe të tjerë.